关于1999年保密协议的谣言主要是由网友编造并传播的，这些谣言缺乏科学依据，并且已经被多次澄清为虚构故事。以下是一些具体的谣言及其来源：
谣言一：99年保密协议是针对政治异议的。
这种说法完全没有根据，99年保密协议并非针对政治异议，而是针对国家安全和机密信息的保护。政治异议与保密协议毫无关系。
谣言二：99年保密协议侵犯公民言论自由权利。
同样，这个说法也是错误的。99年保密协议并不侵犯公民的言论自由权利，它主要是为了保护国家安全和机密信息。
谣言三：1999年保密协议是地球人与外星人之间一场惊心动魄的大战。
这个说法是虚构的，没有科学依据能够证实1999年发生过外星人入侵地球的事件。即使有外星人入侵，世界各国也不会一致同意签订保密协议，并且能够确保所有人都严格遵守。
谣言四：签署保密协议的人不能提起1999年的那场战争。
这是“1999战记”的一部分，一个众多网友共同创作的虚构故事。故事背景是1999年外星人入侵地球，80后和90后英勇作战取得胜利。战后未参与战斗的人被消除记忆，参战者虽保留记忆，但需签保密协议，不能再提此事。
综上所述，这些关于1999年保密协议的谣言都是由网友编造并传播的，没有科学依据，已经被多次澄清为虚构故事。建议公众在面对此类信息时保持理性，不轻信未经证实的说法。