小程序的编程语言主要是 JavaScript。微信小程序使用JavaScript进行逻辑和交互功能的实现，同时结合WXML（WeiXin Markup Language）进行结构设计和WXSS（WeiXin Style Sheet）进行样式设计。支付宝小程序则使用AXML（类似于HTML）和CSS进行结构设计和样式设计，同时也使用JavaScript进行逻辑和交互功能的实现。百度智能小程序使用Swan语言，支持JavaScript语法。
因此，无论是微信小程序还是支付宝小程序，JavaScript都是主要的编程语言，用于实现小程序的逻辑和交互功能。WXML和WXSS则分别用于结构和样式设计，使得小程序的开发更加直观和高效。