有赞小程序存在以下缺点：
价格较高：
有赞的费用相对较高，尤其是对于中小企业和创业公司来说，可能会带来较大的经济负担。例如，有赞的SVIP服务每年需要10万元以上。
功能限制：
有赞小程序在功能上存在一定的限制，例如无法定制一些复杂的功能，二次开发成本也很高。此外，有赞的模板虽然美观，但本质上还是H5，无法实现所有小程序的功能。
售后问题：
有赞的售后服务质量参差不齐，有时会出现售后不响应或处理不及时的情况，给商家和消费者带来不便。
品牌展示问题：
有赞小程序底部会有“有赞技术支持”等字样，这些信息无法去除，可能会被竞争对手利用，缩短创业公司的市场窗口期。
系统稳定性：
有赞小程序在系统稳定性方面存在一定的问题，例如在使用高峰期可能会出现卡顿或页面无法打开的情况。
支付方式限制：
有赞不允许商家使用自己的支付接口，需要使用有赞的支付服务，这会增加额外的费用。
交付周期长：
有赞小程序的交付周期较长，且交付质量取决于开发人员的能力和需求，这可能会影响商家的上线速度和效果。
中心化思想：
有赞被批评为中心化思想作祟，商家不能完全自主控制商城，这可能会影响商家的运营自由度和灵活性。
综上所述，有赞小程序虽然功能齐全、操作便捷，但其高价格、功能限制、售后问题、品牌展示问题、系统稳定性、支付方式限制、交付周期长以及中心化思想等问题也不容忽视。商家在选择有赞小程序时，应充分考虑这些缺点，并根据自身需求和预算做出明智的决策。