运营小程序需要交纳的税收主要包括以下两个方面：
增值税
增值税是根据商家从销售商品或提供服务中获得的收入，按照一定的比例缴纳的。无论是线下实体店还是在线电商平台，包括小程序商城在内的所有销售渠道都适用这一规定。
微信小程序入驻商家的混合销售额的增值税率是6%，应遵照《增值税暂行条例》、《个人所得税法》以及相关法规的规定，依法申报缴纳增值税。
个人所得税
如果商家通过小程序商城开展经营活动获得收入，并且达到了纳税起征点，就需要根据个人所得税法的规定纳税。商家在缴纳个人所得税时，可以根据相关法规享受一定的税收优惠政策。
具体税率和优惠政策：
小规模纳税人享有季销售额少于9万元免征增值税的优惠政策。
企业对公账户的收入所得需要按照收入的比例缴纳所得税，但具体税率和免税额度需参照最新的税法规定和相关政策。
建议：
商家在运营小程序时，应确保依法纳税，避免逃税漏税，以免引发法律风险。
定期咨询专业的税务顾问或会计师，了解最新的税收政策和优惠信息，合理规划税务事宜。