从国库退税的程序主要包括以下几个步骤：
退税申请
纳税人需要填报“退税申请书（或退税申报表）”。
对于需要纳税人提出退税申请的，如出口产品退税、误收退税等，由纳税人填报“退税申请书（或退税申报表）”，报基层税务机关审查核实后上报县级税务机关或主管退税的税务机关审批。
对于不需要纳税人提出退税申请的，基层税务机关根据有关凭据（如所得税汇算纳税申报表、税务处理决定书、税收票证审核差错处理单等），直接报县级税务机关审核，然后由税收会计填开“收入退还书”送国库办理退库。
资料审核
纳税人应持复核退税审批资料，包括减免退税的批准文件、入库税收完税凭证、汇算清缴表、误收退税的相关资料等，到主管税务机关领取《申请退税审批表》，如实填写后报送到主管税务机关受理审批。
主管税务机关审查核实纳税人的《申请退税审批表》及有关纳税资料，将审查核实意见签署在申请书上，同时将审核后的《申请退税审批表》连同有关纳税资料报送到主管局长审批。
退税审批
县级税务机关审批后，将《退税申请表》一份退还给纳税人，一份交纳税人主管税务机关作为退税凭证的附件，一份由本局主管科留存。
主管税务机关根据上级税务机关审批的《退税申请表》，填开《中华人民共和国税收收入退还书》，由国库审查办理退库。
国库办理退库
税收会计根据审批后的《退税申请表》填开“收入退还书”，送国库办理退库。
国库审核退税后，返回确认信息，并通过转账或现金的方式将退税款退还给纳税人。
退税款项到账
退税款直达纳税人银行账户，通常需要7个工作日到账。
对于需要退付现金的特殊情况，税务机关从严审核后，在“收入退还书”上加盖“退付现金”的明显戳记，直接交纳税人，令其持其到指定的国库办理退付现金手续。
其他注意事项
税款退库一律退付人民币，外籍纳税人或外资企业单位纳税人由于离境等原因，确需退付外币的，由纳税人向税务机关提供有关证明，税务机关从严审批后，在“收入退还书”上加盖“退付外币”琐记，由国库按转账（或取款）当日的外汇牌价将退还的人民币税款折成外汇转入纳税人外汇账户，或由纳税人持其到指定的国库办理退付外汇现金手续。
建议纳税人在办理退税时，确保所有资料齐全、准确，并按照税务机关的要求进行申请和审批，以便顺利完成退税流程。