最终结清的程序通常包括以下几个步骤：
提交最终结清申请单：
承包人需要按照合同约定，在缺陷责任期终止后向发包人提交最终结清支付申请。
签发最终结清支付证书：
发包人在收到承包人提交的最终结清支付申请后，应在14天内核实并签发最终结清支付证书。
最终结清付款：
发包人应在签发最终结清支付证书后的14天内，按照证书列明的金额向承包人支付最终结清款。
若发包人未在约定的时间内核实，又未提出具体意见的，视为承包人提交的最终结清支付申请已被发包人认可。
发包人未按期最终结清支付的，承包人可催告发包人支付，并有权获得延迟支付的利息。
最终结清时，如果承包人被扣留的质量保证金不足以抵减发包人工程缺陷修复费用的，承包人应承担不足部分的补偿责任。
承包人对发包人支付的最终结清款有异议的，按照合同约定的争议解决方式处理。
综上所述，最终结清的程序可以总结为：承包人提交最终结清申请单、发包人签发最终结清支付证书、发包人向承包人支付最终工程价款。这一过程旨在确保合同双方按照约定完成全部工作并结清所有款项。