机器指令程序是由一系列按一定顺序排列的指令组成，用于指挥计算机工作的指示和命令。执行程序的过程就是计算机的工作过程。计算机的指令系统包含了计算机所能执行的各种不同指令，每一台计算机均有自己的特定指令系统，其指令内容和格式有所不同。
程序在编译时，通常需要从人类可读的编程语言转换成机器能够理解的指令。这个过程通过编译器完成，将程序员编写的代码（字符串）转换成二进制形式的机器指令。编译后的机器指令文件可以在没有操作系统的情况下运行，但操作系统在程序运行时仍然发挥着重要作用，例如解析可执行文件格式、提供系统调用和通用函数等。
机器指令通常由操作码和操作数两部分组成。操作码指出指令所要完成的操作，即指令的功能；操作数指出参与运算的对象，以及运算结果所存放的位置等。机器并不能懂得人类的语言，因此它有自己的指令集，而算法则是为了解决特定问题而总结出来的解决方案，可以避免重复性的创造过程，节约时间。