境外股东减资程序主要包括以下几个步骤：
在境外公司注册地办理减资变更
向境外公司注册地的相关部门提交减资申请并获得批准，拿到官方的减资文件。
在国内商务部门和外汇管理局备案变更
准备减资材料，包括但不限于减资申请和相关材料，内容包括更新的境外投资备案表、减资证明、董事会决议等。
向商务主管部门提交减资备案申请，商务部门审核提交材料的完整性、合法性，收回原境外投资证书原件，并签发新证书。
向外汇管理局申请调整资金流动的相关外汇额度，将减资后的备案表、减资证明、资金汇回计划等文件提交至外汇管理局，办理外汇备案变更。如计划将减资资金汇回国内，还需提交详细的资金汇回说明，外汇管理局核准后可正式进行外汇结算。
公司内部程序
股东大会作出增资或减资的决议，并相应对章程进行修改，必须经代表2/3以上表决权的股东通过。同时，对于减资，公司减资后的注册资本不得低于法定的最低限额。
公司必须编制资产负债表及财产清单。
制定减资方案并召开股东会通过，由董事会制定减资方案后，公司需召开股东会，并经代表三分之二以上表决权的股东签署股东会决议，若是一人公司则应提交股东签署的书面决定。
根据决议或决定内容修改公司章程，包括减少认缴注册资本的数额、各股东就减少认缴注册资本承担的具体数额、各股东的出资方式、出资日期等。
通知债权人和对外公告，公司应当自做出减资决议之日起10日内，通知债权人，并于30日内在报纸上至少公告三次。
债务清偿或担保，债权人自接到通知书之日起30日内，未接到通知书的自第一次公告之日起90日内，有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
办理增减资登记手续
自登记之日起，增减资生效。
以上步骤完成后，境外股东的减资程序即告完成。建议在实际操作过程中，咨询专业的律师和财务顾问，以确保减资过程的合法性和顺利性。