公司减资的合法程序包括以下几个步骤：
编制资产负债表和财产清单
公司必须编制资产负债表及财产清单，以准确反映公司的资产、负债和所有者权益状况。
制订减资方案
董事会应制订减资方案，明确减资的原因、方式、数额等关键要素，并提交股东会审议。
股东会决议
股东会需按照法定程序召开，并通过特别决议。有限责任公司须经代表三分之二以上表决权的股东通过；股份有限公司须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过；国有独资公司必须由履行出资人职责的机构决定。
通知债权人和公告
公司应当自股东会作出减少注册资本决议之日起十日内通知债权人，并于三十日内在报纸上或者国家企业信用信息公示系统公告。债权人有权要求公司清偿债务或者提供相应的担保。
修改公司章程
根据减资决议，公司需修改公司章程，包括减少认缴注册资本的数额、各股东就减少认缴注册资本承担的具体数额、各股东的出资方式、出资日期等。
办理工商变更登记
公司应依法向登记机关办理公司变更登记，以便更新公司登记信息。
这些步骤旨在确保减资过程的合法性、透明性和公平性，保护债权人和股东的权益。