两高项目申报程序通常包括以下几个步骤：
项目认定与审查
企业或项目需先向项目所在地的发展改革部门提出“两高”项目认定申请。
发展改革委部门会征求相关部门意见后出具认定，若认定有疑义可逐级上报。
专班审议
新建、扩建、改建和技术改造的“两高”项目需由市化工项目和“两高”项目审查工作专班审议。
审议通过后，项目将区分不同类别执行分类审批程序。
分类审批
市级窗口指导类：对不增加产能、能耗、煤耗、污染物排放、碳排放的技术改造类项目实行市级指导、省级报备制度。市发展改革委将会同市工业和信息化局、市生态环境局根据专班审议结果和项目申报材料，出具市级窗口指导意见，由具备相应审批权限的行政审批部门依据指导意见予以立项，并将立项情况通过“两高”行业电子监管平台等方式报省发展改革委、省工业和信息化厅、省生态环境厅。
省级核准或备案：通常，“两高”项目的立项由省级有关部门核准或备案。例如，在山东省，新建（改扩建）煤电、炼化项目实行核准制；新建钢铁、焦化、水泥、轮胎项目实行备案制。
环境影响评价
编制环境影响报告书的“两高”项目由省级生态环境主管部门审批。
编制环境影响报告表的“两高”项目由市（州、地）级生态环境部门审批。
项目申报材料
项目核准的申请文件。
项目申请报告。
经有关部门审核同意的产能、能耗、煤耗、碳排放、污染物排放减量替代方案。
其他相关程序
对于拟建“两高”项目，企业需编制项目建设报告，县、市、省逐级论证，规范论证程序，从严控制拟建“两高”项目。违法违规的存量和在建“两高”项目中如需办理环境影响评价手续的，执行会商联审机制。
建议在申报“两高”项目时，企业应详细编制项目申请报告和相关材料，并严格按照相关政策和程序进行申报，以确保项目能够顺利通过审批。