教师停薪留职的程序一般包括以下几个步骤：
提交书面申请
教师需要向所在学校提交书面申请，详细说明停薪留职的原因、预计的停职留薪时间，并提供相关的证明材料。例如，因身体健康原因需要治疗休养，应提供医疗机构出具的诊断证明。
学校审核
学校收到申请后，会组织相关人员进行审核，审核通过后，签署停薪留职协议，并将申请材料报送所在地教育部门备案。
教育部门审批
所在地教育部门会对申请进行审批，审批通过后，签署停薪留职协议，并将协议备案，同时将停薪留职的相关信息报送到上级教育部门备案。
签订停薪留职合同
教师与单位协商签订停薪留职合同，合同内容需明确包括停薪期限、福利待遇等，并报相关部门备案。
办理离职手续
教师需要到原工作单位办理离职手续，并进行相关的社会保险、住房公积金等转移手续。
遵守合同规定
停薪留职期间，教师仍需遵守一定的规定，如不得从事与教育教学工作冲突的活动等。停薪留职期间，教师与所在单位之间的劳动关系依然存在，只是暂停领取工资。
复职或继续停薪留职
停薪留职期满后，教师可申请复职或办理继续停薪留职的有关手续。复职时间自批准之日起计算。
建议教师在办理停薪留职时，确保所有材料和手续齐全，并严格按照学校和教育部门的规定进行申请和审批，以保障自身权益。