杂交育种选育程序主要包括以下几个步骤：
原始材料圃和亲本圃
种植国内外收集来的原始材料，分类型种植，并进行定期观察记载。
选择具有特定性状的材料进行重点研究，选作杂交亲本，并种植于亲本圃中。亲本应分期播种，以便调节花期和加大行株距，便于杂交操作。
选种圃
种植杂交组合各世代群体材料的地段，有时也称为杂种圃。
任务是对杂种后代进行选择，采用系谱法或混合法。系谱法是连续选择单株，直到选出性状表现一致且符合要求的单株后裔；混合法则是从杂种分离世代开始，各代都按组合取样混合种植，直到一定世代才进行一次个体选择。
鉴定圃
主要种植从选种圃升级和上年鉴定圃留级的材料。
对材料进行测产、综合性状及一致性的鉴定，以确定其是否符合育种目标。
加速育种进程
通过多点试验、稀播繁殖等措施，尽可能缩短育种年限。
可以采用异地加代，如在海南岛建立鱼类育种基地，进行北繁南育，以加速育种进程。
杂交后代的选择
采用个体选择法时，一般从子二代开始选择，因为子二代变异范围最大。
采用群体选择法时，则在子五代至子八代开始进行个体选配，建立家系和确定品种。
记载、挂牌和管理
对杂交过程进行详细记载，包括亲本性状、杂交方式、杂交时间、各期成活率等。
鱼苗下塘后需挂牌并登记，加强管理，避免不同杂交种之间发生混杂。
新品种的育成和推广
经过多代的选育和鉴定，最终选出符合育种目标的新品种。
进行区域试验和生产试验，验证新品种的适应性和稳定性，然后进行推广。
通过以上步骤，可以系统地进行杂交育种，选育出符合特定育种目标的新品种。