水库安全运行程序主要包括以下几个方面：
电气设备检查
确认供电容量是否满足要求，电压与相序是否符合标准。
检查电器接地是否牢靠，熔断器开关、继电保护、带电接点压力表、制动器电磁铁和信号装置等接线是否正常。
在维修电气设备时，必须拉下总电源开关，并挂上“正在维修，请勿合闸”的告知牌，避免发生电击伤人的事故。
尾渠河道检查
检查尾渠河道是否有人，做出警报以免误伤他人。
启闭机操作
经过启闭前的准备工作，操作人员确认启闭机、电气设备等部件均正常，且无人逗留在各危险区域附近时，方可开动启闭机。
启闭输水洞工作闸门的操作步骤包括：将控制柜内总闸闭合送电，将所要启闭工作闸门的分闸闭合，在闸门开度仪上设置运行上限、下限及实际闸门开度，经检查设置的上述参数无误后，按下运行按钮，待闸门运动到预定位置时停止，拉开分闸、关闭总电闸，切断电源，一次操作完成。
紧急断电操作
在一般情况下，启闭装置处于带电启闭状态下，一旦出现断电情况，并且需要立即启闭闸门时，先将所有电源切断，然后根据主管部门的指令进行操作，不得接受任何其他部门或个人有关启闭闸门的指令。
泄洪期间管理
在水库泄洪期间，管理单位要与下游保持联系，须加大下泄流量时，要提前通知下游，做好防洪抢险准备工作。
冬季安全管理
冬季期间，民乐县水利工程设施管理工作步入冬季关键阶段，为保障全县中小型水库安全稳定运行，水务局积极作为，全面强化冬季水库管理工作，严格遵循“安全第一、预防为主、综合治理”的安全管理方针和安全生产主体责任要求，并组织各单位开展安全生产大排查，深度排查隐患，全面检查各水库的蓄水位、运行设施，确保设备在低温环境下正常运行。
安全巡查与检测
近期琼海石合水库及时开展水库安全巡查、检测和泄洪工作，确保水库安全运行。工作人员正在对水库大坝、溢洪道启闭机房等重点部位开展安全巡查，及时排查安全隐患，确保设备设施安全稳定运行。
防汛准备
受强降雨影响，文昌市水库蓄水量激增，为确保安全度汛，文昌市有关部门多措并举，及时优化水库调度，全力以赴做好各项防汛工作。水库工作人员提前泄洪，最大限度腾出库容。
这些程序确保了水库在正常运行和紧急情况下的安全，防止事故发生，保障人民生命财产安全和社会稳定。