原生小程序主要使用以下三种语言进行开发：
JavaScript：
这是最常用的编程语言，用于编写小程序的逻辑部分、前端界面、逻辑处理和后端数据交互等功能。通过JavaScript，开发者可以使用小程序框架提供的API接口进行页面渲染、数据通信和事件处理等操作。
WXML（Weixin Markup Language）：这是一种类似于HTML的标记语言，用于描述小程序的结构，可以定义页面的组件和布局结构。
WXSS（Weixin Style Sheets）：这是一种类似于CSS的样式语言，用于定义小程序的样式，包括颜色、字体、边框等样式效果。
总结来说，原生小程序开发主要采用JavaScript、WXML和WXSS这三种语言，其中JavaScript是核心编程语言，用于实现小程序的逻辑和交互功能，而WXML和WXSS则分别用于描述页面结构和样式。