存取涉密文件的程序主要包括以下几个步骤：
制作和复制
在单位内部或保密行政管理部门审查批准的定点单位进行。
制作和复制过程中形成的中间材料应及时销毁，不需要保存的。
发送
承办人严格按照限定的知悉范围分发涉密文件。
填写《发文登记表》，注明发送单位、时间、文件标题、发文字号、密级、编排顺序号、份数等信息。
发送涉密文件应当包装密封，并标明密级和编排顺序号，确保文件内容不易暴露。
分发涉密文件时，应当通知相关单位保密员或涉密人员前来领取，确需代领的，应当核实代领人员身份，做好文件包装密封。
妥善保存分发涉密文件的各类登记清单，以备查询。
接收
收文单位应当派出保密员或涉密人员领取，确需代领的，领取后交给本单位保密员（涉密文件保管人员），做好内部交接登记。
领取人认真检查涉密文件包装密封情况，核对无误后方可签收。
保密员（涉密文件保管人员）拆封后核对文件的份数、目录、编号是否正确无误，发现问题应当及时与发文单位联系。
保密员（涉密文件保管人员）在《涉密文件收文登记本》上详细登记文件名称、密级、份数、发文字号、编号等信息。
传阅
填写《涉密文件传阅单》，注明传阅范围、传阅人、传阅时间等信息。
传阅过程中，涉密文件应在保密员或指定人员的控制下进行，确保文件安全。
传阅完毕后，应及时归还并登记传阅情况。
借阅
部门申请人需向档案室提出借阅申请，经相关负责人审批后办理借阅登记。
借阅人应严格按照借阅权限和范围使用涉密文件，并在规定时间内归还。
档案员在借阅过程中应查验文件，确保文件安全无损。
归档和销毁
涉密文件在使用完毕后，应及时归档，并严格按照保密规定进行保管。
需要销毁的涉密文件，应按规定程序进行销毁，确保文件不被泄露。
其他要求
存取涉密文件时，必须有两人以上在场，并进行签字确认。
涉密文件应存放在符合安全标准的保密室或保密柜内，具备防火、防盗、防潮、防磁等基本安全措施。
涉密文件的收发、传递、传输、签收、送阅等环节，均应严格履行审批、清点、登记、签收等手续。
通过以上程序，可以确保涉密文件在存取过程中的安全性和保密性，防止信息泄露。