科研发明申请程序通常包括以下几个主要步骤：
准备阶段
确定发明类型：明确是发明专利、实用新型专利还是外观设计专利。
专利检索：通过国家知识产权局官网、专业数据库或委托专利代理机构进行检索，了解发明是否已被他人公开或申请，以避免重复申请。
准备申请文件：包括请求书、说明书及其摘要和权利要求书等，确保文件内容清晰、完整。
提交申请阶段
选择申请方式：可以直接向国家知识产权局提交电子申请，或通过邮寄方式提交纸质申请。
缴纳申请费：提交申请时需按规定缴纳申请费、公布印刷费等费用。
提交申请文件：确保申请文件的完整性和格式正确性。
受理和初审阶段
受理：专利局收到申请后，进行形式审查，确认申请文件是否齐全、格式是否符合要求。符合要求的，发出受理通知书，并分配申请号。
初步审查：审查员检查申请是否存在明显缺陷，如内容是否属于《专利法》中不授予专利权的范围，是否明显缺乏技术内容不能构成技术方案等。如果形式审查不能通过，则会发出补正书，要求补正。
公布阶段
公布：初审合格后，专利申请将进入公布阶段。如果申请人没有提出提前公开的请求，要等到申请日起满18个月才会公开。公布后，公众可以查阅申请文件。
实质审查阶段
实质审查请求：申请人需在申请日起3年内提出实质审查请求，或在递交申请时即提出。实质审查将深入评估申请的新颖性、创造性和实用性。
审查意见：专利局下发审查意见通知书，申请人需根据通知书进行答复。必要时，申请人还需对申请文件进行修改。
授权阶段
授权：审查通过后，专利局将授权专利，并颁发授权书。
缴纳费用：在收到受理通知书后，需按时缴纳申请费和其他相关费用。
办登和领专利证书
登记手续：申请人需按规定办理登记手续，缴纳相关费用。
领取专利证书：完成登记手续后，国家知识产权局将颁发专利证书，并在专利公报上公告授权信息。
整个流程复杂而严谨，需要申请人具备扎实的专业知识和良好的沟通能力。建议申请人在申请过程中委托专业的专利代理机构代为办理，以确保申请的成功率和效率。