小程序的费用可以根据具体情况计入不同的科目：
研发费用
当费用发生时，可以计入“研发支出--小程序开发”。
完工时，如果符合资本化条件，则计入“无形资产--xx”，否则计入“管理费用--研究与开发费”。
管理费用
小程序注册费可以计入“管理费用”。
小程序商城用户申请退款的处理费用也可以计入“管理费用”。
如果小程序功能开发费用金额不大，也可以直接计入“管理费用”。
财务费用
小程序收款扣掉的手续费可以计入“财务费用”。
长期待摊费用
如果小程序开发费用符合长期待摊费用的条件，可以将其计入“长期待摊费用”并进行摊销。
建议
根据费用的性质和企业的会计政策，选择合适的科目进行核算。
对于金额较大的开发费用，建议资本化计入无形资产，并在后续期间进行摊销。
对于金额较小或不符合资本化条件的费用，可以直接计入管理费用。