使用小程序模板存在以下坏处：
同质化现象严重
同一套小程序开发模板可以套用到多个行业的小程序中，导致相似度很高，区别仅在于名称、颜色等表面元素。这种现象使用户容易失去新鲜感，甚至流失，难以获得高用户转化率。
企业没有小程序开发模板的所属权
模板的所属权归属于开发公司，用户数据信息和开发源码也在开发公司手中。如果开发公司出现问题，小程序模板可能无法继续使用，给企业带来损失。此外，模板小程序无法进行移植，因为企业没有独立数据库，迁移后无法使用数据信息。
功能固定，无法实现个性化开发需求
模板上的功能是固定的，企业无法添加满足实际需求的个性化功能。如果需要额外功能，只能进行定制开发，这增加了成本和工作量。
缺乏独立后台和数据所有权
模板小程序通常只提供网站和小程序后台账号，需要企业自己独立申请和配置数据。客户缺少技术支持，制作效果因企业不同而异，且难以获得第三方技术支持。此外，模板开发的基础代码在开发公司服务器上，企业只有使用权，没有拥有权。
安全性和隐私保护问题
模板小程序的数据存储和传输方式固定，用户数据安全性可能无法保障。一旦模板公司倒闭或遭受攻击，用户数据可能丢失或被泄露。
扩展性和升级困难
模板功能固定，无法适应市场变化和用户需求的升级。商家在后期可能需要支付额外费用进行功能扩展和更新，增加了成本。
技术支持和售后服务不足
模板小程序的技术支持和售后服务可能不够专业和全面，出现技术问题和bug影响用户体验和店铺运营。一旦模板公司倒闭或转行，应用可能无法得到及时升级和维护。
综上所述，使用小程序模板虽然可以快速开发交付，成本较低，但在同质化、数据所有权、个性化开发、安全性和扩展性等方面存在明显劣势。企业应根据自身需求选择是否使用模板开发，或考虑定制开发以更好地满足业务需求和用户体验。