公安机关扣押程序如下：
批准程序
扣押财物、文件需要经过办案部门负责人批准，若在现场勘查或搜查中扣押，则需由现场指挥人员决定。若扣押财物、文件价值较高或可能严重影响正常生产经营，则需经县级以上公安机关负责人批准。
法律依据
扣押程序依据《中华人民共和国治安管理处罚法》第八十九条和《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百二十七条等相关法律法规。
执行扣押
执行扣押的侦查人员不得少于二人，并需出示相关法律文书。扣押情况应当制作笔录。
扣押物品处理
扣押的物品应当会同在场证人和被扣押物品持有人查点清楚，并当场开列清单一式二份，一份交给持有人，另一份附卷备查。对扣押的物品应妥善保管，不得挪作他用，若发现与案件无关，应及时退还。
扣押物品清单
扣押物品清单应写明物品或文件的名称、编号、规格、数量、质量、特征等，并由侦查人员、见证人和持有人签名或盖章。持有人及其家属在逃或拒绝签名时，不影响扣押的进行，但应在扣押清单上注明。
特殊物品处理
对于违禁品，无论是否与本案有关，都应先行扣押，然后交有关部门处理。若扣押邮件、电报，需经公安机关或人民检察院批准，并通知邮电机关检交扣押。不需要继续扣押时，应立即通知邮电机关。
解除扣押
对于经查明确实与案件无关的物品、文件，应当在3日以内解除扣押，退还原主或原邮电机关。
以上是公安机关扣押程序的主要内容，希望对你有所帮助。