小程序商城的弊端主要包括以下几点：
技术限制
微信小程序的大小限制为2MB，导致无法开发大型复杂的应用。
技术框架不稳定，开发方法时常修改，需要频繁升级维护。
审核严格
审核过程严格，例如缺少ICP经营许可证的应用无法上架。
微信对小程序的内容、上线、审核、发布规则拥有解释权，可能导致内容需要频繁修改。
功能受限
小程序不支持收藏，且首次打开消耗流量，打开速度较慢。
不能跳转外链网址，限制了开放性。
不能直接分享到朋友圈，只能通过二维码分享。
某些复杂功能可能无法实现，影响用户体验。
用户留存难度
小程序入口相对较深，用户容易遗忘使用，导致活跃度不稳定。
用户流失率高，部分用户在使用一次后不再回头。
安全性问题
低成本或免费的商城制作工具可能存在安全隐患，用户数据容易丢失或损坏。
一些小程序商城缺乏专业的技术支持和维护，可能导致安全漏洞。
推广困难
小程序曝光率低，需要额外推广才能提高用户基数。
缺乏个性化推荐和互动性，难以提高用户黏性和转化率。
成本问题
虽然开发成本相对较低，但后期维护成本可能较高。
某些特殊营销手段需要额外定制开发，增加成本。
延伸性和裂变性差
小程序缺乏数据分析能力，难以提供有效的服务延伸性。
流量少，缺乏有效的引流和转化手段。
综上所述，小程序商城虽然在开发成本和推广方面有一定优势，但在技术稳定性、审核严格性、功能全面性、用户留存、安全性、推广效果、成本控制和延伸性等方面存在明显的弊端。商家在选择小程序商城时，应充分考虑这些因素，以确保其能够满足业务需求和用户期望。