工程审计的程序包括以下环节：
确定审计目标和范围
审计人员需要明确审计的目标和范围，包括审计的时间段、审计的项目和范围等。
收集资料和信息
审计人员需要收集与工程项目相关的资料和信息，包括合同、施工图纸、工程报告、进度报告、财务报表等。
确认审计对象
审计人员需要确认审计对象，包括工程项目的所有权人、承包商、监理单位等。
进行现场检查
审计人员需要到工程项目现场进行检查，包括检查工程进度、质量、安全等方面。
进行数据分析
审计人员需要对收集到的资料和信息进行数据分析，包括比较实际进度和计划进度的差异、比较实际成本和预算成本的差异等。
进行风险评估
审计人员需要对工程项目的风险进行评估，包括评估合同履行风险、财务风险、安全风险等。
提出审计发现和建议
审计人员需要根据审计结果提出审计发现和建议，包括发现的问题、原因和解决方案等。
编写审计报告
审计人员需要将审计结果编写成审计报告，包括审计发现、建议和结论等。
此外，工程审计的流程还可以包括以下步骤：
填写审计资料交接清单并进行登记
进行审前调查，了解工程项目的基本情况。
制定审计方案
根据审计目标和范围，制定审计计划，包括审计人员的分配、审计时间表、审计程序等。
审计准备工作
收集相关资料，了解审计对象的背景和历史，了解审计对象的内部控制系统等。
审计程序的执行
根据审计计划和程序，对审计对象进行审计程序的执行，包括进行实地调查、进行文件分析、进行内部控制评价、进行风险评估等。
审计结果的分析和总结
对审计程序的执行结果进行分析和总结，确定审计发现和问题，并提出建议和意见。
审计报告的审批和发布
对审计报告进行审批和发布，包括对审计报告的内容、形式和语言进行审查和修改，并确定审计报告的发布方式和时间。
针对零星工程，可以适当简化审计程序，如减少现场勘查的次数、采用抽样审计等方法，以提高审计效率，并注重事前审计，预防潜在的问题。