动物选种程序的主要作用包括以下几点：
提高畜群品质和生产性能：
通过选择品质优良、符合种用要求的个体留作种用，淘汰不符合种用要求的个体，可以逐步提高猪群的品质和生产性能。
稳定遗传优良性状：
选种能够使优良性能稳定地遗传给后代，确保后代在相同的饲养管理条件下能够持续表现出较高的生产性能。
创造必要的变异：
通过有目的的选配，可以产生新的遗传变异，为培育新的理想型创造条件。
把握变异方向，强化某种变异：
当某一有益变异在群体中显现时，可以通过选配手段强化这种变异，使其在后代中更加突出。
控制近交程度，防止近交衰退：
近交可能导致遗传多样性减少和近交衰退，通过选配可以控制近交的程度，避免这些问题。
提高适应性和生存能力：
选种有助于动物适应环境变化，提高对疾病的抵抗力，增强生存能力。
经济利用：
通过选种选配，可以培育出更符合市场需求和经济效益的畜种，如提高产奶量、改善肉质等，从而提高经济收入。
创造新的品种：
长期的选种和选配工作可以逐步改变群体的遗传特性，最终培育出全新的品种或亚种。
综上所述，动物选种程序对于提高动物的生产性能、改善遗传特性、增强适应能力以及促进经济发展等方面都具有重要作用。