加班到凌晨的程序通常包括以下几个步骤：
协商
在加班前，用人单位需要与工会和劳动者进行协商，确保加班安排得到双方的同意。
申请加班
部门考勤员在申请加班当日12:00前到人力资源部领取签批后的《员工加班申请单》，并在加班结束后根据实际加班时间填写加时，次日上午连同考勤签到签离表上交人力资源部审核。
如果遇到周日或国家法定节假日，签批后的《员工加班申请单》应于加班前一天下班前到人力资源部领取。
监控与审核
部门主管和经理需要对加班员工进行监控，确保员工在申请加班时间内保质保量完成工作任务，并在加班结束后审核实际加班时间是否与预计加班时间相符。
人力资源部根据部门上交的签到签离表及员工原始打卡记录，审核加班员工加班时间是否属实，并按部门分类存档，月末时与部门考勤员核对。
支付加班工资
根据《劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于正常工作时间工资的150%的工资报酬。
如果用人单位安排劳动者在休息日工作且不能安排补休，则应支付不低于正常工作时间工资的200%的工资报酬。
记录与存档
加班结束后，相关部门需要详细记录加班情况，包括加班时间、员工签名、主管审核等，并将相关文件存档备查。
这些步骤旨在确保加班过程的合法性、透明性和公平性，同时保障劳动者的权益。建议用人单位和劳动者都严格遵守相关规定，确保加班安排合理且合法。