系统育种的程序通常包括以下几个关键步骤：
选择对象：
从大面积栽培的品种中选择具有优良性状、高产、优质和强适应性的品种作为起点。
单株（穗）选择：
从选定的品种中挑选出具有优良性状的单株或单穗。
株行实验：
将选出的单株或单穗进行种植，形成株行，以评估其生长表现和遗传特性。
品系比较实验：
在株行实验基础上，进一步进行品系比较，筛选出表现更优的品系。
混系繁殖（原种）：
将表现优异的品系进行混合繁殖，以保持其优良性状。
区域实验和生产实验：
在更大范围内进行区域实验和生产实验，进一步验证品种的适应性和稳定性。
品种审定与推广：
通过多地的多年试验，确定具备优良表现的品种，并进行审定。审定通过后，进行示范和推广，使其在实际生产中得到广泛应用。
这些步骤构成了系统育种的基本程序，旨在通过系统的选择和试验，培育出适应性强、产量高、品质优良的品种。