工程结算的程序主要包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
工程结算的前提是工程必须竣工验收合格。这包括总包、所有分包、材料设备等都要进行四方验收，并签发合格证书。
结算资料的准备与核对
结算前需要准备和核对相关资料，包括施工图纸、工程承包合同、施工全过程的动态资料等，确保资料完整齐全。
工程量的审核
工程量是结算的关键，审核工程量是重点和难点。需要确保结算工程量与实际完成工程量一致，防止多报或漏报。
定额单价的审核
定额单价的审核不可忽视，特别需要注意可能出现的差错。如出现较大偏差，可以再次核实价格。
其他费用的审核
其他费用的审核要坚持合情合理，确保所有费用均符合合同约定和相关法规。
结算资料的签认
结算资料需要经过乙方、监理、甲方工程人员、预算人员等的签认，确保结算数据的准确性和可靠性。
结算书的编制与签发
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。双方核对达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，并在结算书上签发书面意见。
结算付款申请与支付
结算完成后，由乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发后交财务付款。
中间结算与年终结算
工程结算又分为工程定期结算、工程阶段结算、工程年终结算和工程竣工结算。在会计科目设置中，工程结算是建设承包商专用的会计科目。
法律依据
工程结算应遵循《建设工程价款结算暂行办法》、《建筑法》等相关法律法规的规定，确保结算过程的合法性和合规性。
建议在实际工程中，严格按照上述程序进行操作，确保结算过程的透明、公正和合法，避免因结算问题引发不必要的纠纷。