加盖三层房屋需要遵循一定的程序，这些程序可能因地区和具体情况而有所不同。以下是一般性的步骤：
了解当地规定
首先，需要了解当地的规划用地性质和行政审批程序。不同地区有不同的规定，有些地区可能允许加盖三层甚至更多层，只要符合规划要求并通过审批手续即可。
提交建设规划申请
在建房之前，需要向当地规划部门递交建设规划申请，经过审查和立项批准，获得相关的建设许可证或者批文。
获得审批
具体审批程序可能包括：
向城建局或房管部门提交申请。
村委会讨论通过并公示。
乡镇政府组织各相关部门审查。
乡镇政府审批。
县级政府备案。
施工前的准备工作
如果申请获得批准，需要进行建筑方案设计，包括建施图和结施图。
委托具备工程建设可靠性鉴定资质的单位开展房屋加层质量安全鉴定。
准备施工所需的材料和设备。
施工过程
按照批准的设计和规范进行施工，确保结构安全。
施工过程中需要接受相关部门的监督和检查。
竣工验收
住宅竣工后，需要向镇人民政府提出竣工验收申请，并进行验收。
验收合格后，可以办理不动产登记。
遵守相关规定
在整个过程中，必须遵守《中华人民共和国城乡规划法》等相关法律法规，确保加层工程合法合规。
建议：
在进行加盖三层房屋之前，务必详细了解当地的具体政策和审批程序，确保所有步骤都符合法律法规的要求，避免因违规操作而引发法律问题。