深度调查程序通常包括以下步骤：
综合调查
弄清问题的细节及原因。
企业需配合咨询人员，落实协助部门和人员，明确任务和责任。
召开企业情况介绍会，由企业最高领导和有关部门负责人介绍各自职能管理情况。
咨询人员与企业重点部门的负责人和有关人员面谈，并索取相关资料。
依法进行检查
检查是查明事实和获取有关证据所需要的执法手段。
根据《行政处罚法》，检查可以包括对场所、物品、文件、资料的查看和查封等。
抽样取证
对于与产品质量有关的行政处罚案件，抽样取证是比较适当的调查执法手段。
抽样取证应确保样本的代表性和合法性，以便准确推断整体情况。
登记保存证据
在调查过程中，对重要证据进行登记和保存，以防止证据丢失或篡改。
证据的登记保存应遵循法律规定，确保其法律效力。
这些步骤共同构成了深度调查的基本程序，旨在全面、客观地查明事实，为后续的决策和处理提供可靠依据。