计算工资程序通常包括以下步骤：
职责分配
各部门经理根据公司相关规定提交部门核算规则（例如考勤规则、加班规则、绩效规则等）。
人力资源部负责制订薪资架构及薪资计算审核，完成各项与薪资有关资料的审核，并审批工资表。
薪资计算
根据员工职级规定及月薪、年薪、奖金有关资料信息进行计算。
确定不同性质员工（新入职人员、正式人员、离职人员、临时工）的结算流程。
新入职员工实行试用期工资，自报到之日起计薪；正式人员根据职级规定计算工资；临时工由任职部门提供审批完成的考勤表及核算依据，人力资源部计算工资并填报销单交相关领导审批。
确定薪资分类及标准
参考行业和城市标准，将薪资分为固定工资、绩效工资、加班工资和晋升工资等。
固定工资按照公司制定的月基本工资及有关薪资资料计算；绩效工资占比为总额的20%，根据部门主管给出的绩效考评分数计算；加班工资按加班者时薪的2倍计算，值班按日均工资乘以具体值班时间计算，节假日加班按日均工资3倍计算。
确定薪资计算依据
工资计算依据可以包含考勤表、薪资项目更新明细表、社保明细扣款表、加班明细表、值班明细表、绩效考评成绩明细表等。
制定规则，约定当出现核算依据迟交或未交的情况，会对相应负责人进行催促，甚至给予惩处。
确定工资发放时间
结合城市和行业等标准确定企业的发放日期，例如当月工资在下月固定日期发放，常见10日或15日。
计提工资
企业按照一定的规定和程序，提前计算员工应得的工资总额。
包括确定工资计算基数、工资计算周期、计算工资各项费用（如个人所得税、五险一金等）、计算出勤和缺勤天数、计算绩效奖金、汇总工资，并提前通知员工。
工资核算
收集员工考勤数据，确定工资项目（基本工资、岗位工资、绩效工资、加班工资、奖金、津贴等）。
根据员工的基本工资、岗位工资、绩效工资、加班工资、奖金、津贴等工资项目，结合员工的考勤数据，计算出每位员工的应发工资。
扣除社会保险和公积金、个人所得税，计算实发工资。
制作工资核算表，进行审核，并通过银行转账或现金等方式发放工资。
工资发放与归档
工资发放采取银行打卡制，工资实际发放一律保留至元，四舍五入。
将工资表和其他相关文件进行归档，以便日后查阅和审计。
薪酬政策与规定
根据公司的薪酬政策和职位要求，确定职工的薪酬标准。
记录员工信息，计算薪酬，编制薪酬清单，并按照公司规定的薪酬发放时间和方式发放薪酬。
自动化计算
使用工资自动计算软件，依据预设的规则、公式以及导入的相关项目数据，自动完成人员工资的计算过程。
软件能够采集员工的人事档案、工作时长、考勤记录、销售业绩、绩效评估结果等数据，并根据企业的薪酬政策和计算规则进行计算。
这些步骤确保了工资计算的准确性、合规性，并顺利完成工资发放。建议企业根据自身实际情况选择合适的计算方法和工具，以提高工资核算的效率和准确性。