汽车刷程序存在以下缺点：
对汽油品质要求更高：
刷程序后，发动机需要更高品质的汽油来支持超频运转，否则可能影响发动机性能和寿命。
温度要求更高：
发动机超频运转会产生更多热量，需要更高效的冷却系统来保持正常温度，否则可能对发动机造成不可逆的损害。
4S店可能拒保：
刷程序后的车辆在出现问题时，4S店可能会拒绝提供质保服务，车主需要自行承担高昂的维修费用。
缩短发动机寿命：
刷程序会提高发动机转速和功率，从而增加发动机的磨损和故障率，缩短其使用寿命。
增加油耗：
为了支持超频运转，发动机需要消耗更多的燃油，导致油耗增加。
影响车辆稳定性：
如果车主没有相关经验或软件知识，自行刷写程序可能会对车辆稳定性造成影响，甚至导致发动机无法启动。
功能受限：
刷写后的ECU在实际应用中，特别是在国内复杂多变的道路上，许多功能可能无法发挥应有的效果，如加速性能等。
法律和保障挑战：
刷程序可能带来法律和保障上的问题，如4S店可能拒绝为非法或非官方程序引起的车辆问题提供质保。
综上所述，汽车刷程序虽然可能带来短暂的性能提升，但其潜在风险不容忽视。车主在考虑刷程序时，应权衡利弊，确保在合法和安全的前提下进行，并充分了解可能带来的后果。