公司申请劳动仲裁的程序如下：
提交仲裁申请材料
申请人需提交仲裁申请书、身份证原件及复印件、企业法人资质证明以及与申请仲裁相关的证据材料。
受理
仲裁委员会在收到申请材料后，若符合《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的受理范围且在时效内，将予以立案，并在5日内通知申请人。若不符合受理条件，将书面通知申请人并说明理由。
立案
仲裁委对已决定立案的仲裁案件，会进行案件编号、组建仲裁庭并确定仲裁庭人员。
送达
立案后，仲裁委将在5日内将应诉材料送达被申请人，并告知被申请人需在10日内进行答辩。
调查取证
仲裁庭将对仲裁请求事项进行调查、勘验取证，并根据案件调查情况确定开庭时间，提前3日告知申请人和被申请人。
案件审理
仲裁庭根据双方提供的证据材料和调查、勘验情况进行调解或开庭审理。当事人有权在庭前申请调解，若调解未达成协议或调解书送达前当事人反悔，仲裁庭应及时裁决。
依法裁决
庭审结束后，仲裁委员会将依据相关法律、行政法规对申请仲裁的请求事项和仲裁庭调查、勘验、庭审结果进行裁决。裁决书须在5日内送达双方当事人及提起公诉的人民法院。
费用缴纳与结案
当事人应在收到受理或应诉通知之日起五日内预缴仲裁费。未按规定缴纳费用的，将按撤诉处理。仲裁庭在组成之日起六十日内结案，案情复杂的可延期三十日。结案后，将制作调解书或裁决书并送达双方当事人。
建议：
公司在申请劳动仲裁时，应确保提交的材料完整、规范，并在规定的时间内完成各项程序，以保证仲裁过程的顺利进行和自身权益的有效维护。