小程序教育虽然方便快捷，但也存在一些缺点，主要包括以下几点：
功能限制：
小程序通常受到技术和平台的限制，可能无法提供复杂和高级的功能。例如，一些大型教育机构可能需要开发功能更全面的应用，而小程序可能无法满足这些需求。
用户习惯：
用户可能更倾向于使用原生应用程序，对于小程序的接受度和使用习惯有一定的门槛。这可能导致用户对小程序的依赖度较低，从而影响其使用效果。
离线使用限制：
小程序通常需要联网才能正常运行，无法在无网络环境下使用。这在某些情况下可能会影响用户的学习体验。
发现和推广难度：
相比于应用商店中的应用，小程序的发现和推广相对困难，需要额外的推广和宣传措施。这可能会增加教育机构的市场推广成本。
用户权限限制：
由于平台的限制，小程序可能无法访问某些特定的设备功能和系统权限。这可能会限制小程序在某些场景下的使用。
平台依赖性：
小程序通常需要依赖特定的平台和生态系统，可能受到平台政策和变化的影响。例如，微信的政策变化可能会对小程序的运营产生影响。
用户留存和参与度：
相对于原生应用程序，小程序的用户留存和参与度可能较低。这可能会影响教育机构的用户粘性和收益。
更新频率：
开发者需要频繁更新小程序，以保持用户的兴趣和参与度。这可能会增加开发者的负担，同时也需要用户频繁更新，可能会影响用户体验。
开发技术要求：
开发小程序需要具备特定的技术和知识，对于非技术背景的人来说可能存在一定的难度。这可能会限制小程序的开发和推广。
竞争压力：
小程序市场竞争激烈，需要有独特的功能和优势来吸引用户使用。对于教育机构来说，如何在众多小程序中脱颖而出是一个挑战。
综上所述，小程序教育虽然具有方便快捷的优势，但在功能、用户习惯、离线使用、推广、权限、平台依赖性、留存参与度、更新频率、开发技术要求和竞争压力等方面仍存在一些缺点和挑战。教育机构在利用小程序进行在线教育时，需要充分考虑这些因素，并采取相应的策略来优化用户体验和提升服务质量。