股份回购变更程序主要包括以下几个步骤：
签订《股权回购协议书》：
股东与公司就股权回购事项协商达成一致后，双方需签订书面协议。
注销原股东的出资证明书，修改公司章程和股东名册：
根据协议内容，公司需要注销原股东的出资证明书，并在公司章程和股东名册中记录股权回购的相关信息。
办理股东变更手续：
携带相关文件，包括股东会决议、股权转让协议等，到公司登记机关办理股东变更登记手续。
召开股东会并表决：
若涉及减少注册资本或变更公司章程等事宜，需要召开股东会，并且需要三分之二以上表决权的股东通过。
履行协议义务：
当事人按照协议约定履行各自的义务，包括支付回购款项、办理股权变更登记等。
变更登记处理：
回购完成后，公司应及时进行相应的变更登记处理，包括注销登记、重新验资和工商注册登记备案等。
诉讼途径：
若股东与公司无法达成股权收购协议，股东可以在股东会会议决议通过之日起九十日内向人民法院提起诉讼。
这些步骤确保了股份回购过程的合法性、透明性和公正性，保护了股东和相关方的权益。建议在实施股份回购前，相关各方应充分沟通，并严格按照法律规定和程序办理。