合同变更程序通常包括以下几个步骤：
提出变更要求
一方当事人认为需要变更合同时，应以书面形式向对方提出变更要求。该要求应包括变更合同的理由、变更的内容以及变更的条件，并请求对方在一定期限内给予答复。
答复与协商
另一方当事人在接到变更要求后，应在法定或约定的期限内以书面形式予以答复，表示同意或不同意，并可以提出自己的修改、补充意见。如果逾期不答复，视为默认同意变更。
达成变更协议
双方当事人经过反复协商，达成一致意见后，应制作变更合同的协议书。该协议书应包括变更的具体内容，经双方签字盖章后生效。对于因不可抗力、情势变更和意思表示不真实等产生变更请求权而变更合同，对方不同意的，权利人可请求法院或仲裁机构变更。
法律手续
如果按照法律、行政法规的规定，原来的合同是经过有关部门批准、登记的，合同变更后仍应报原批准机关批准、登记。
总结：
合同变更的主要程序包括提出变更要求、答复与协商、达成变更协议以及办理相关的法律手续。在整个过程中，双方当事人的协商一致是合同变更的关键，任何单方面的变更要求或未经协商的变更都是无效的。此外，如果变更涉及法律、行政法规规定的批准、登记等手续，还需按照相关规定办理。