BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一种用于序列相似性搜索和序列同源性分析的工具,由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发。它通过在DNA或蛋白质序列数据库中查找与查询序列相似的区域来确定查询序列的生物属性。BLAST包含多个独立的程序,这些程序根据查询的对象和数据库的不同而定义。以下是一些常用的BLAST程序及其用途:
BLASTN:
用于在核酸序列数据库中搜索与查询核酸序列相似的区域。
BLASTP:
用于在蛋白质序列数据库中搜索与查询蛋白质序列相似的区域。
BLASTX:
用于在蛋白质序列数据库中搜索与查询核酸序列相似的区域。
TBLASTN:
用于在核酸序列数据库中搜索与查询蛋白质序列相似的区域。
TBLASTX:
用于在核酸序列数据库中搜索与查询蛋白质序列相似的区域。
这些程序都基于局部相似性算法,通过比较查询序列与数据库中的序列片段,找出最相似的匹配项。用户可以根据具体的查询需求和序列类型选择合适的BLAST程序。
建议在实际应用中,根据具体的序列类型和研究需求选择合适的BLAST程序,以获得准确和高效的搜索结果。