进口棉花的程序包括以下几个主要步骤：
签订代理合同和单证预审
与代理公司签订合同，并预审相关单证，包括商业合同、装箱单、商业相关证件、发票、报关报检委托书等。
到港报关和关税缴纳
货物到港后，进行报关，并缴纳关税，海关放行。
商检验货
在查验区验铅封，商检验货，检查货物是否存在残损、异性纤维、以次充好、掺杂掺假等情况。
安排入库和取样
安排货物入库，并进行商检取样，送样检测。
送样检测和卫生证
检测结果合格后，出具卫生证，并放行出库。
陆运和派送
安排陆运，将货物派送上门。
注意事项：
配额申请：进口棉花需要提前申请配额，配额的申请期为每年的10月下旬，发放机构为国家发改委授权机构。
供应商备案：境外供货企业需要提前在中国质检总局备案，没有备案的供应商不接受报检。
质量信用管理：海关总署对境外供货企业实行质量信用管理，根据实际到货质量和履约情况，将质量信用分为A、B、C三个层级。
现场查验：海关对进口棉花实施现场查验，核对批次、规格、标记等，确认货证相符，检查包装是否完好，有无破损，货物是否存在残损、异性纤维等情况。
这些步骤和注意事项确保了进口棉花的合规性和顺利进行。建议在实际操作中，各相关方应严格按照规定办理，以确保进口棉花的顺利进行和合规性。