在Windows操作系统中，运行桌面的主要程序是 explorer.exe。这个进程负责管理和显示桌面上的图标、文件夹和窗口。当你启动Windows系统时，`explorer.exe`会自动运行，并创建一个图形用户界面（GUI），使用户能够与桌面进行交互。
此外，桌面应用程序通常是指那些在本地计算机上安装并运行的软件，它们使用图形用户界面（GUI）与用户进行交互，例如文本编辑器、办公软件、图像处理程序等。这些应用程序与Web应用程序相对，后者是通过浏览器访问的在线程序。
总结来说，运行桌面的主要程序是`explorer.exe`，它负责桌面的显示和管理。而桌面应用程序则是一类在本地计算机上安装并运行的软件，它们使用GUI与用户进行交互。