扣押的合法程序包括以下几个步骤：
批准与决定
扣押行为必须经过法律、法规规定的行政机关批准，由行政机关负责人决定是否实施扣押。
在侦查活动中，扣押财物和文件需要办案部门负责人批准，价值较高或可能严重影响正常生产经营的，需经县级以上公安机关负责人批准。
调查取证
执法人员在实施扣押前应进行充分的调查取证，确定扣押财物与违法违规行为之间的关联性，并依法制作扣押决定书等相关法律文书。
通知当事人
扣押物品时，应通知涉案人员和相关当事人到场，并告知采取行政强制措施的理由、依据及当事人依法享有的权利和救济途径。
清点与登记
在扣押过程中，应对被扣押财物进行详细清点、登记，制作扣押清单，清单应包括财物的名称、数量、规格、型号、特征等详细信息，并由执法人员、当事人或见证人签字确认。
保管与封存
对于扣押的物品、文件，要妥善保管或封存，不得使用、调换或损毁。若发现与案件无关的物品、文件，应在查明后三日内解除扣押，退还原主。
执行与记录
执行扣押时，要向被扣押人出示相关证件，执行人员不得少于二人，并有被扣押人或其家属、邻居或其他见证人在场。扣押情况应制作笔录，由侦查人员、见证人和持有人签名或盖章。
附卷与保存
扣押清单一份交给持有人，一份交给公安机关保管人员，一份附卷备查。
申诉与处理
扣押后，当事人有权进行申诉，公安机关应及时处理申诉，确保当事人的合法权益不受侵犯。
这些程序旨在确保扣押行为的合法性、规范性和透明度，防止权力滥用，并保护当事人的合法权益。