税收改革的程序通常包括以下几个步骤：
建立税收立法、实施及其支出的公开制度
税收的公开制度应当是从税收立法到实施的全过程及其税款的支出的公开，包括税收政策、税收法律、税收行政法规和规章的起草、修改、人大表决及其实施的全过程的全方位公开。
通过严密审计、调查取证
在准确掌握转让定价事实的基础上，经过进一步地测算、论证和比较分析，确定税收调整方法并拟定初步调整方案。
内部审议
初步调整方案确定后，调查审计人员应写出书面材料，内容包括转让定价事实、税收调整的法律依据、调整方法选择的理由、调整结果及有关说明，交由有关科（室）和审议小组进行审议，统一认识，形成主管税务机关的初步意见。
与企业协商
主管税务机关可将经审议的调整意见以书面或会谈形式与被调整企业见面，征询意见，企业如有异议，可在税务机关规定的期限内提供有关足以说明价格合理的证据资料。主管税务机关接到资料后，应认真审核，并在不超过30天的时间内作出审议决定。在与企业协商过程中，参加协商人员应做好充分的准备，每次协商双方均应指定主谈人，记录员由调查审计人员担任，协商内容记录稿应由双方主谈人签字，若被调整企业拒签，可由调查审计人员2人以上签认备案。
税收处理及税额调整的报批
调查审计人员根据审议决定，填写《转让定价税收处理及税额调整呈批表》，报主管税务机关领导审批。内容包括调整内容的审定依据、调整方法的选择以及应调整的应税收入或应纳税所得额以及税额，同时附上企业基本情况和有关调整依据资料。主管税务机关领导接到审批表后，应于20日内予以审批。调查审计人员接到核准的审批表后，应于5日内填制《转让定价应税收入或应纳税所得额调整通知书》及其附件，书面通知被调整企业，并办理签收手续。
完善立法、明确事权、改革税制、稳定税负、透明预算、提高效率
这六个方面的任务，既是深化财税体制改革目的的全方位概述，也是一系列操作性指标。税收法定原则为当今各国普遍接受，税法既是为了保障政府收入，更是为了保护纳税人利益。比如随着增值税转型和扩围任务的完成，作为我国主体税种的第一大税不应该只凭一本条例来运行了。财政支出法定原则落到实处更加复杂，支出项目之多远远超过税种数目。
改进预算在前，完善税制在后
涉及支出项目的要点最多，其次是税制，再次是分权，由收支内容的科学调整来带动财政分权形式的转变，而且强调了财力格局的总体稳定。财政是一个复杂的系统，很难把收支平管各个方面的内容完全分离出来，但深化财税体制改革的思路是清晰的，是有规划有步骤的。
这些步骤体现了税收改革从立法到实施、从审计到协商、再到最终决策的全过程，确保了税收改革的透明性、公正性和有效性。