税务局处理案件的基本程序包括以下几个方面：
税务登记
从事生产、经营的纳税人自领取营业执照之日起三十日内，需持相关证件向税务机关申报办理税务登记。税务登记时需提供营业执照、相关合同、章程、协议书、银行账号证明、居民身份证或其他合法证件等资料。
纳税申报
纳税人必须在法律、行政法规规定或确定的申报期限内办理纳税申报，报送纳税申报表。申报方式包括直接报税和网上报税两种。直接报税是企业分别向国税与地税办理服务厅等领购各种纳税申报表、代收代缴税款报告表等，并在法定纳税申报期内分别向上述机构所在地办理手续。网上报税则是企业运用网络方式进行相关的报税行为，包括填写纳税申请审批表和向有关主管部门提出申报请求。
税务稽查
税务稽查的立案标准包括推送案源、检举案源等。稽查部门依托大数据分析，对纳税状况异常的企业推送风险预警并进行深入检查。检举案源通常来自内部人员和竞争对手。
税务稽查的主要程序包括选案、检查、审理和执行四个环节。选案是通过一定方法筛选出可能存在税收违法行为的纳税人或扣缴义务人作为稽查对象。检查是对选定的稽查对象进行深入调查核实，收集证据。审理是对检查部门移交的案件进行审查，确认事实和证据的合法性，并形成结论性文书。执行是将审理部门作出的处理决定付诸实施。
案件处理
对于违章行为较严重、情节恶劣、案情复杂、数额较大、涉及面广、影响较大的税务案件，需要立案查处。具体立案标准由省、自治区、直辖市税务局根据本地情况确定。立案后，税务机关应组成调查组，制定调查方案，经领导同意后实施调查，并根据调查结果进行定性处理。
税务行政处罚
纳税人未按照规定的期限解缴税款的，税务机关除责令限期缴纳外，还可以从滞纳税款之日起，按日加收滞纳税款千分之二的滞纳金。
建议在办理税务相关事宜时，提前了解并遵守相关法规，确保按时申报纳税，并积极配合税务机关的检查和稽查工作，以维护企业的合法权益。