借款审计程序主要包括以下几个步骤：
获取资料
取得企业借款合同台账，包括本年新增借款的全部借款合同、抵押和保证合同。
收集银行借款单据、收款及还款单据等相关文件。
逐一检查
将借款台账与账面记录核对，确认台账记录的完整性。
逐笔检查借款合同，关注借款金额、利息、借款性质（抵押、保证或信用），并检查抵押合同和保证合同。
核对征信报告记录，并将相关合同和征信报告索引至底稿。
函证
对短期借款和票据贴现情况进行银行函证，确保信息的准确性和完整性。
协调好负责银行函证的同事，做好函证过程控制及记录。
检查程序
详细检查抵押合同和保证合同，记录合同编号、抵押物信息（产权证编号等）、保证人信息（姓名、保证期间等）。
详细检查票据贴现情况，记录票据编号、贴现银行、付款人、承兑人、票面金额、出票日、到期日、贴现日、贴现息等信息。
合法性审查
确保借款合同符合中国相关法律法规，包括《合同法》等。
遵守相关的金融、信贷、征信等相关法律法规。
明确各方的权力和义务
明确借款人和贷款人各自的权力和义务。
确认各项条款符合法律要求。
明确法律效力和可执行性
确认借款合同的法律效力和可执行性。
确认借款合同中约定的条款可以得到贷款人的有力保障。
其他内容
对借款合同中的常用条款进行说明。
对关键条款进行重点审查和讨论。
对需要修订的条款进行讨论和修改。
通过以上步骤，审计人员可以全面了解和验证借款活动的合法性、合规性和真实性，确保借款合同和资金流向的准确性，从而降低审计风险。