菊花组合育种程序主要包括以下几个步骤：
亲本的选择和培育
选择原则：选择花形、茎节、叶形、根系等各方面兼优，抗逆性强，栽培容易，形质稳定的品种作为育种的亲本。母本性状应具有较多的优点或重要的优点，同时注意双亲的花型相差不宜过大。
培育方法：随独本菊和三本菊的栽培一起培育亲本，每个栽培阶段都要达到标准。9月中旬，再次精选植株发育健壮、新嫩、孕蕾较早的独本菊或三本菊做亲本，单独养护，不再追施氮肥，隔周交替施用稀薄芝麻渣水和0.2%磷酸二氢钾溶液作追肥点浇，至开花为止。授粉前后，应严防蚜虫和红蜘蛛等侵害，及时喷布内吸性和能灭卵的农药。
杂交育种
杂交组合：根据杂交的目的，制定杂交组合。一般母本性状多占遗传优势，应具有较多的优点或重要的优点。同时注意双亲的花型相差不宜过大，否则后代花型变化混乱。如需要丰富花色，可用花型相同或类似而花色不同的品种杂交；而要丰富花型，可选花色相同，而花型又相差距离不太大的品种杂交。
授粉方法：舌状花自外向内渐次成熟，当三、四成花开放时，可逐层剪短花瓣，以利于用毛笔蘸父本花粉授粉。柱头成熟期不一，应分批重复授粉。加强养护母株，适当扣水；并在日光下曝晒，然后及时除袋。翌年1~2月种子成熟，连茎剪下阴干，然后晒种、清种。
组织培养快速繁殖
外植体的选取、灭菌和接种：选取无病虫害、粗壮的茎尖和茎段、花序轴、花蕾等作为外植体。进行表面灭菌后，将外植体切割成小块，接种到诱导培养基上。培养基通常添加6-BA和NAA等激素。
培养基及培养条件：适用于菊花的培养基种类很多，如MS、B5、N5、white等。大多采用MS培养基，添加6-BA 2~3mg/l，NAA 0.02~0.2mg/l。菊花对激素的要求并不是很严格。
芽变选种
选种过程：选出菊花中的优变芽，通过营养繁殖加以保存和推广，是育成新品种的捷径。
辐射育种
处理方法：用适当剂量的Co60处理，可诱导出多种变异。
其他繁殖方法
扦插、分株、嫁接：这些方法也可用于菊花的繁殖，但主要用于大规模繁殖或特定品种的培育。
通过上述步骤，可以实现菊花的高效杂交育种和快速繁殖，培育出更多优质的新品种。