支付小程序的费用可以根据具体情况计入不同的科目：
研发费用
如果小程序开发费用符合资本化条件，即可以计入无形资产的成本，则应计入“研发支出—资本化支出”科目，并在符合条件时结转到“无形资产”科目。
如果费用不符合资本化条件，即费用化，则可以直接计入“研发支出—费用化支出”科目，并在费用发生时计入相关费用科目，如“管理费用—研究与开发费”。
管理费用
小程序的日常使用费用，如注册费、使用费（如招商证券小程序的使用费）等，可以直接计入“管理费用”科目。
建议
资本化与费用化：根据费用的性质，判断其是否符合资本化条件，从而决定计入“研发支出—资本化支出”还是“研发支出—费用化支出”。
日常费用：对于日常使用的小程序相关费用，如注册费、小额的使用费等，可以直接计入“管理费用”。
这样的处理方式不仅符合会计准则，还能准确反映企业的财务状况和经营成果。