工程破产清算程序主要包括以下几个步骤：
开始程序
破产程序因当事人申请而开始，债权人和债务人都可以提出破产申请。提出申请时，必须讲明破产原因。破产案件一般归债务人营业所所在地的法院管辖；无营业所的，归债务人普通审判籍所在地的法院管辖；无营业所与普通审判籍的，归债务人不动产所在地的法院管辖。对当事人提出的破产申请，法院要进行审查，有正当理由的，予以受理，否则即予驳回。
宣告程序
破产由法院宣告。宣告破产前，必须对破产案件进行审理。审理方法由法院决定，可以依职权调查，可以进行言词辩论，也可以两种方法同时采用。审理后，确认具备以下条件的，即可宣告破产：①具备法定的破产原因；②债权人具有申请破产的权利；③债务人具有破产的能力。宣告破产要使用书面裁定。破产裁定书必须记明宣告破产的具体时间，确定呈报债权时间，确定调查债权和召开第一次债权人会议的日期，宣布扣押命令，采取保全措施。
成立清算组
企业被人民法院宣告破产后，清算组在人民法院宣告企业破产之日起五日内组成，立即接管破产企业的帐册、文书、资料、印章，行使法律赋予的权利。
接管企业
清算组接管破产企业后，对破产企业的财产进行保管、清算、估价、变卖、分配、决定是否履行未履行完毕的合同，交付属于他人的财产，追收破产企业在法院受理破产案件前六个月至宣告破产之日期间内非法处理的财产。
处理善后事宜
清算组依法接管破产企业后，需要处理善后事宜，包括对破产企业的财产进行保管、清算、估价、变卖、分配、决定是否履行未履行完毕的合同，交付属于他人的财产，追收破产企业在法院受理破产案件前六个月至宣告破产之日期间内非法处理的财产。
召开债权人会议
所有债权人均为债权人会议成员。第一次债权人会议由人民法院召集，应当在债权申请期限届满后15日内召开。以后的债权人会议在人民法院认为必要时召开，也可以在清算组或占无财产担保债权总额的1/4以上的债权人要求时召开。
确认破产财产
破产财产指用以清偿债务的全部财产，主要包括：宣告破产时破产企业经营管理的全部财产。
清偿债务
清算组根据企业现有财产拨付破产费用，按规定进行清偿。清偿结束后可以办理破产登记。
剩余财产的分配
清算组提出分配方案，在债权人会上讨论通过，报人民法院批准后由清算组具体执行。
制作清算报告，申请注销公司登记
清算结束，应将经股东会或有关主管机关确认的清算报告及确认文件报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
终结程序
破产财产清算分配完毕，由清算组向人民法院汇报清算分配工作的情况，并申请人民法院裁定破产终结，未得到清偿的债权，不再进行清偿。
以上是工程破产清算的主要程序，具体操作中可能会根据具体情况有所调整，建议咨询专业律师或法律顾问以获取更详细的法律指导。