烟草查扣香烟的处理程序通常包括以下几个步骤：
立案与调查
烟草专卖行政主管部门在发现违法嫌疑或收到举报后，应在七日内核查并决定是否立案。
立案后，需对案件进行调查取证，收集相关证据，包括询问违法案件的当事人、嫌疑人和证人，检查当事人的经营场所等。
证据保全与处理措施
执法人员依法对违法卷烟进行查封、扣押，并制作罚没清单。
执法机构对罚没的卷烟进行证据保全，并制定罚没决定书或通知书，明确罚没事实、依据和处罚措施。
鉴别与处理
扣押期限原则上为七个工作日，期间专业人员将对涉案烟草制品进行深入细致的鉴别，以确认其真实性与合法性。
若在扣押期限内问题得到解决，则烟草制品将被及时归还。
若涉嫌违法的卷烟在采取张贴通告、发布公告等多种手段后的三十天之内仍未能找到当事人，可在烟草专卖行政主管部门负责人的批准下，采取变卖等处理方式，变卖所得款项需全额上缴国家财政。
处罚与执行
对于无证经营烟草制品零售业务的，由工商行政管理部门责令停止经营，没收违法所得，并处罚款。
烟草专卖行政主管部门查处违反《烟草专卖法》和本条例的案件时，可以行使询问、检查等职权，并依法对违法生产或经营的烟草专卖品进行处理。
后续处理
罚没的卷烟可以通过销毁、拍卖或捐赠等方式进行处置。
拍卖企业拍卖烟草专卖品时，应当接受烟草专卖行政主管部门的监督，竞买人应当持有烟草专卖批发企业许可证。
综上所述，烟草查扣香烟的处理程序涉及立案、调查、证据保全、鉴别处理、处罚执行及后续处置等多个环节，确保依法、公正、及时地处理违法卷烟，维护国家利益和消费者权益。