疫情集体调薪程序主要包括以下几个步骤：
推选协商代表
职工方和企业方协商代表人数应当对等，每方人数为3至9人，不得少于3人。其中一线岗位职工不得低于50%；女职工人数占企业总人数的10%以上的，职工方协商代表中应当有女代表；企业负责人、出资人、人力资源部门负责人不能担任职工方协商代表。
确定协商事项
疫情影响下工资的调整（如奖金、津贴、补贴等分配办法，停工停产期间工资待遇，计时工资、计件单价、加班工资和劳动定额标准等）。
疫情影响下的劳动关系安排（如待岗、轮岗）。
疫情影响下的工时及休假安排（如缩短工时、安排调休、年休假等）。
进行集体协商
职工方和企业方均可提出集体协商要约，各方收到要约书后，在20日以内予以书面答复，明确协商的时间、地点、内容、本方协商代表名单等，并对本方主张作出说明。
在集体协商会议召开五个工作日前，协商双方应当如实向对方提供协商方案以及与协商方案相关的信息和资料，企业方还应当提供的信息和资料包括工资集体协商所需要的本企业上年度营业收入、净利润、职工工资总额和职工平均工资等。
签订协议
通过协商达成一致后，双方可以签订书面的集体协商协议，明确各项工资待遇和安排，并由双方签字确认。
纠纷处理途径
如果协商双方就协商内容达不成一致意见，双方均可以以书面形式向上一级工会或者工商业联合会、企业联合会等企业代表组织申请调解；调解不成的，可以再向有管辖权的人力资源和社会保障主管部门申请调解。
此外，根据《劳动合同法》及人力资源社会保障部办公厅《关于妥善处理新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控期间劳动关系问题的通知》，企业还可以通过以下方式调整薪酬：
逐一协商：通过与员工逐一协商，针对延迟复工期间工资问题签署专门的《补充协议》《承诺书》等类似书面文件，明确该期间工资奖金计发的方式、金额，由员工逐一签名确认，公司留存备查。
工资支付周期确认：在企业工资支付周期届满后，就该周期支付情况，与员工签署《结算书》《确认书》等类似的书面文件，表明员工对工资的构成、项目、金额、扣款等所有事项均确认无误。
职工大会：通过召开职工大会（采取线上等非接触的形式开会），职工代表会或与工会平等协商讨论后，出台企业关于特定期间工资奖金计发问题的文件，并将文件向员工公示，作为特殊的规章制度执行。
建议在实施疫情集体调薪程序时，企业应确保遵守相关法律法规，充分尊重和保护员工的合法权益，并通过透明、公正的协商过程达成共识。