充军发配的程序主要包括以下几个步骤：
判决与刑罚确定
充军和发配都是古代中国刑罚的一种，但它们不是同一种刑罚。发配是将罪犯发往偏远地区从事强迫性的劳役，而充军则是将罪犯发往部队去服兵役。
充军作为死刑的代用刑，其刑罚的严重程度在流刑和死刑之间。
刺字与标识
在宋代，充军前需要在罪犯的脸上刺字，作为标识，这是充军制度的一个显著特征。
发配地点
发配的地点通常根据犯错的严重程度来决定，罪名越重，发配地点越远。发配地点包括边远蛮荒之地或充军戍边，如海南、黄州等地。
在明朝，充军的执行地点分为极边、烟瘴、边远、边卫、沿海附近等，这些地区环境条件较差，旨在通过苦役来惩罚罪犯。
实施与执行
在宋代，充军的实施由皇帝下诏，兵部具体执行，将罪犯发往指定的部队或地区。
清朝时期，充军一般在定罪后由兵部发配，不连带家人，情节轻的可“更赦放逐”，不必“永远”。
总结：
充军发配的程序包括判决与刑罚确定、刺字与标识、发配地点的选择以及具体的实施与执行。这一制度在古代中国具有严厉的惩罚性质，旨在通过发配到边远地区或部队来达到惩戒和防卫的目的。