程序通常以 二进制编码的形式存放在程序存储器中。具体来说，程序是由一系列二进制代码组成的，这些代码直接对应于计算机硬件能够理解和执行的操作指令。程序存储器是计算机中用于永久存储程序和数据的地方，程序存储器可以是内存（RAM）或硬盘等辅助存储器。
在计算机系统中，程序以二进制形式存储，这是因为计算机的基本工作原理是基于二进制系统的。二进制是一种数制，它只有两个数字0和1，这与计算机内部的电子开关（如晶体管）的开关状态非常匹配，因此计算机可以直接将二进制代码存储在内存中，并且能够快速地读取和执行这些指令。
总结来说，程序以二进制编码的形式存放在程序存储器中，这种存储方式使得计算机能够高效地执行程序中的指令。