澄清正名的程序主要包括以下步骤：
启动条件
监督检查、审查调查、干部监督等部门核实认定检举控告失实的，结合被检举控告人一贯表现等进行综合评估。经评估应当澄清的，及时提出书面建议和方案，经本机关主要负责人批准后实施。
被检举控告人向纪检监察机关提出澄清书面申请，承办部门经核实认定检举控告失实且有必要澄清的，应当报本机关主要负责人批准后，及时启动澄清程序。
承办部门核查
承办部门对检举控告进行核查，认定为失实的，提出澄清工作建议。
被举报人认为自己受到失实检举控告并造成不良影响，可书面提出澄清申请。
征求意见
承办部门在提出澄清工作建议或收到被举报人的澄清申请后，需充分征求被举报人的意见。
制定澄清方案
承办部门综合研判核实结果、问题性质、情节后果及征求意见情况，制定澄清正名建议方案。
方案需包括澄清方式、时间地点、澄清内容、参加人员、主要流程、宣传方式等内容，并与本级信访举报部门会商后，报本机关主要负责人审批。
实施澄清
澄清方式包括书面澄清和当面澄清。书面澄清通过送达澄清函的方式进行，抄送相关部门和人员。当面澄清则通过派员或委托所在单位党组织负责人当面说明事实，帮助澄清对象消除顾虑。
根据情况，还可能采取会议澄清、通报澄清或其他适宜的方式进行。
通报与记录
澄清工作完成后，及时将情况通报相关党委（党组）和组织人事部门，并将相关资料存入个人廉政档案。
监督与责任
澄清正名工作应坚持实事求是、依规依纪依法的原则，严格审批程序，确保分级负责、属地管理。
对于诬告陷害行为，将追究相关责任。
以上程序旨在保障纪检监察干部的合法权益，维护公正廉洁的党风政风。