修改协议金额的程序通常包括以下几个步骤：
双方协商
合同金额有变化时，首先应由合同双方当事人进行协商，以确定变更后的金额。
双方应仔细审查合同条款，就变更内容达成一致意见，并确保变更后的合同内容符合相关法律法规的要求。
重新签订合同
一旦双方就变更金额达成一致，应签订一份新的合同或补充协议，明确变更后的合同金额及其他相关条款。
在重新签订合同前，建议双方仔细核对原合同内容，确保没有遗漏或错误，并在必要时请专业律师或法律顾问进行审查。
遵循法律程序
根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。
如果合同金额的变更涉及法院裁决，可能是因为意思表示不真实（如重大误解）或适用情事变更原则，此时需要经过法院的裁决。
公证和见证
为确保合同变更的合法性和有效性，可以考虑通过行政机关的公证或律师见证等方式，使合同内容更加完备。
记录和备案
合同变更后，双方应妥善保管相关文件，并按照规定进行备案，以便在必要时提供证明。
建议
在进行合同金额变更时，务必保持诚信原则，确保双方权益不受损害。
变更合同金额应遵循相关法律法规，确保变更的合法性和有效性。
在签订新的合同或补充协议前，建议咨询专业律师或法律顾问，避免因变更程序不当而产生法律纠纷。