分析程序在以下阶段使用：
审计计划阶段
在计划阶段，注册会计师需要了解被审计单位及其环境，并评估财务报表层次和认定层次的重大错报风险。分析程序在此阶段可以帮助注册会计师形成对关键账户余额、趋势和财务比率关系的合理预期，从而初步了解审计风险点。
风险评估程序
在风险评估阶段，分析程序用于了解被审计单位及其环境，并识别和评估财务报表层次和认定层次的重大错报风险。此阶段使用分析程序是强制要求的。
实质性程序
在实质性测试阶段，当使用分析程序比细节测试能更有效地将认定层次的检查风险降至可接受的水平时，分析程序可以用作实质性程序。此时，分析程序可以单独使用或结合其他细节测试，收集充分、适当的审计证据。
总体复核阶段
在审计结束或临近结束时，注册会计师需要对财务报表进行总体复核。此时，分析程序用于在已收集的审计证据的基础上，对财务报表整体的合理性做最终把握，评价报表仍然存在重大错报风险而未被发现的可能性，并考虑是否需要追加审计程序。
综上所述，分析程序在审计计划阶段、风险评估程序、实质性程序和总体复核阶段都需要使用。这些阶段中，分析程序的使用有助于注册会计师全面了解被审计单位及其环境，识别和评估重大错报风险，并收集充分、适当的审计证据，从而为发表审计意见提供合理基础。